История подростка Томаса, попавшего на странном лифте в Глэйд — квадратное пространство, окружённое Лабиринтом. В Глэйде вместе с ним заперты около 60 других подростков, называющих себя глэйдерами. Ими руководит Алби, который первым оказался в этом месте. Юноши потеряли память. Всё, что они помнят о себе, это своё имя. Глэйдеры около трёх лет пытаются найти выход из Лабиринта, но не могут этого сделать, поскольку его конструкция меняется каждую ночь. Вдобавок в Лабиринте обитают жуткие чудовища гриверы, выползающие по ночам и убивающие всякого, кто не успел вернуться из Лабиринта в Глэйд до закрытия Дверей.

Томасу снятся странные сны, в которых женский голос говорит «ПОРОК — это хорошо» (в книге организация, созданная для борьбы с эпидемией, называется англ. World In Catastrophe: Killzone Experiment Department, W.I.C.K.E.D.[5], что расшифровывается как «порочный, грешный». Аббревиатуру можно примерно перевести как «Департамент эксперимента по изучению зоны убийства (Killzone): мир Катастрофы». В сценарии фильма она была сокращена до пяти букв W.I.C.K.D.[6], а затем и до четырёх — W.C.K.D.). Он также видит девушку, которая говорит ему, что скоро всё изменится.

Во время сбора удобрений в лесу Глэйда на Томаса нападает Бен, бегун, которого ужалил гривер в Лабиринте (вопреки обыкновению, днём). После этого зараза распространяется по телу, и человек умирает. Ужаленных изгоняют за пределы Глейда в момент закрытия ворот: так происходит и с Беном. На следующее утро Алби и глава бегунов Минхо идут в Лабиринт, чтобы найти следы Бена, но Алби также жалит гривер, и Минхо не успевает дотащить его в Глэйд. Томас, нарушая правила, запрещающие небегунам заходить в Лабиринт, успевает войти туда, чтобы помочь им. Вместе они проводят ночь, скрываясь от гривера, который оказывается биомеханоидом, и Томас убивает его, заманив в ловушку меж сдвигающихся стен Лабиринта.

Лифт, ранее привозивший нового подростка и припасы раз в месяц, прибыл вне расписания и без провизии, доставив девушку Терезу, в руке которой была записка «Это последняя из всех». Очнувшись на несколько секунд, девушка узнаёт Томаса.

Утром того же дня Томас, Минхо и трое других бегунов отправляются в Лабиринт к трупу гривера и добывают из его останков некий электронный прибор с надписью W.C.K.D. — той же самой, что на доставляемых припасах. Лидер ребят Ньют (заместитель Алби) официально назначает Томаса бегуном. В хижине бегунов Минхо показывает Томасу модель Лабиринта и говорит, что он лично пробежал его весь, но выхода так и не нашёл. Минхо также говорит, что секции Лабиринта пронумерованы и открываются в одной и той же последовательности. Он также обращает внимание, что на приборе, вытащенном из гривера, стоит цифра 7, и как раз в эту ночь была открыта седьмая секция.

Томас общается с очнувшейся Терезой, которая оказывается девушкой из его снов. У Терезы те же воспоминания, что и Томаса. Она также даёт герою две ампулы с гравировкой W.C.K.D., в которых, похоже, находится некая вакцина. Одну из ампул Томас вкалывает Алби и, похоже, лекарство помогает.

Утром следующего дня Минхо и Томас отправляются в седьмой сектор, в котором прибор из гривера начинает издавать звуки. Следуя сигналу, бегуны находят возможный выход. Но некое лазерное устройство сканирует ребят, после чего найденный подростками вход (через который гриверы попадают в Лабиринт) закрывается, а Лабиринт начинает меняться. Подросткам удаётся выбраться из Лабиринта, и они рассказывают о своей находке другим.

Вечером Алби приходит в себя. Он говорит, что «они» не дадут никому выбраться из Глейда, а также вспоминает Томаса, который был «их» любимчиком. Тем временем в Глейде начинается паника, поскольку ворота Лабиринта, через которые пришли Минхо и Томас, не закрылись на ночь. Более того, вечером открываются трое других ворот лабиринта. Через них в Глейд проникают гриверы, которые убивают многих подростков, включая Алби. При этом глейдерам удаётся завладеть шприцом, которым гривер «жалит».

Чтобы обрести воспоминания, Томас колет себе яд из шприца. Тереза колет ему вакцину, и он обретает часть воспоминаний о себе, Терезе, других подростках и организации ПОРОК, создавшей Лабиринт для проведения испытаний. Он рассказывает группе своих друзей о том, что над ними с детства ставили опыты, а он был одним из тех, кто отправлял ребят в Лабиринт и наблюдал за их жизнью. Он также говорит, что Тереза тоже была на стороне исследователей.

В Глейде власть перешла к Галли, который с первых дней недолюбливал Томаса и сумел убедить всех, что неприятности связаны с его появлением. Галли предлагает принести Томаса и Терезу в жертву гриверам как подношение, считая, что сможет восстановить тем самым прежний порядок вещей. Друзья освобождают Томаса и тот предлагает идти в Лабиринт, чтобы найти выход. Галли с частью глейдеров остаётся.

Томас со своей группой сражается с гриверами и разгадывает код к двери, который оказывается последовательностью активации секторов Лабиринта. Выбравшись из Лабиринта, они обнаруживают лабораторию с телами учёных и видеопослание от Авы Пейдж, руководителя специальных проектов компании ПОРОК, которая рассказывает, что планета была уничтожена увеличившейся солнечной активностью, за которой последовала ужасная эпидемия вируса, поражающего мозг, под названием «Вспышка». Юношей поместили в Глэйд в рамках экспериментов по поиску лекарства от вируса. Пейдж говорит, что агрессивная среда была нужна для того, чтобы понять, как функционирует мозг и что делает подростков особенными. В конце видеоролика видно, как в лабораторию врываются вооружённые люди. Пейдж намекает, что не все люди разделяли принципы компании ПОРОК, а затем стреляет в себя из револьвера.

После окончания ролика в лаборатории открываются двери наружу. Когда подростки собираются уйти, они видят Гэлли, «ужаленного» гривером, с пистолетом в руке. Он говорит, что их место в Лабиринте, и собирается убить Томаса, но Минхо кидает копьё и убивает Гэлли. Гэлли все же успевает выстрелить в Томаса, но Чак прикрывает его своей грудью. Когда Томас оплакивает застреленного друга Чака, из коридора выбегают вооружённые люди в масках, которые уводят подростков из лаборатории. Из окна вертолёта они видят Лабиринт, который находится посреди пустыни.